Momoa lahir pada 1979 di Nānākuli, Honolulu, Hawaii;[2] beliau anak tunggal Coni (Lemke) hasil perkahwinan seorang jurugambar kacukan Jerman, Ireland dan peribumi Amerika[2] dengan Joseph Momoa, seorang pelukis[1] keturunan peribumi Hawaii.[3][2][4] Beliau dibesarkan ibunya di Norwalk, Iowa.[2]

Semasa beliau melanjutkan pengajian tinggi, beliau mula-mula mendalami bidang biologi marin sebelum beralih ke bidang biologi hidupan liar (wildlife biology).[5] Beliau memasuki bidang keperagawanan pada tahun 1998 atas pujukan seberapa pelanggannya.[6] Beliau turut bekerja separuh masa di sebuah kedai menjual peralatan sukan luncur air ssebelum muncul dalam siri aksi Baywatch Hawaii dari 1999 hingga 2001.[7][8]